卡尔蔡司耶拿俱乐部是在公司的支持下，由卡尔蔡司光学仪器厂的工人创立的。耶拿是图林根州第三大城市，也是著名的光学之都。

卡尔蔡司耶拿曾经是东德的一支强队。两德统一后，他们加入了德乙联赛，但随后降级。近年来球队一直徘徊在德国三四线联赛。